Der Künstler und Wissenschaftler unterrichtete von 1972 bis 2006 die Orgelklasse der Schola Cantorum Basiliensis. Als Organist am Dom zu Arlesheim bei Basel spielt er die Johann-Andreas-Silbermann-Orgel von 1761 regelmäßig in den Gottesdiensten und Domkonzerten.
Jean Claude Zehnder ist international angesehen als Interpret alter Orgel- und Cembalomusik. Zugleich ist er in der Bach-Forschung tätig, speziell auf dem Gebiet der Stilentwicklung im Frühwerk und der Interpretationsforschung. Sein Buch über die frühen Werke Johann Sebastian Bachs erschien 2009 im Schwabe-Verlag, Basel. Es etabliert erstmals eine chronologische Ordnung von etwa 120 Stücken, die im Zeitraum von 1695 bis 1708 entstanden sind. Die Erfassung von stilistischen Parametern dient darüber hinaus der Darstellung von Bachs Werdegang, seiner jugendlichen Experimente und der allmählichen Herausbildung einer „Tonsprache”, die unser abendländisches Musikverständnis stark geprägt hat. Er ist Dozent bei der Sommerakademie für Alte Musik in Innsbruck und Mitinitiator der Orgelwochen in Muri und Arlesheim.
Wegen seiner künstlerisch-wissenschaftlichen Doppelbegabung wurde Jean Claude Zehnder im Januar 2002 die Ehrendoktorwürde der Universität Dortmund verliehen.
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